明万历四十三年秋，云贵总督卓仲廉卸任返回故乡陕北，途经川陕边境时被劫富济贫的绿林女盗“玉罗刹”练霓裳劫去大部分财产。随行护送的武当弟子耿绍南因傲慢不逊被削去二指，练霓裳自此与武当派结怨。

　　此后不久，朝廷发生了“梃击案”，卓仲廉之子户部侍郎卓继贤被人诬陷入狱致死。卓仲廉之孙，武当派紫阳道长之徒卓一航闯进王府，揭穿了福王和郑贵妃的阴谋，为父平反，深受太子朱常洛赏识。

　　卓一航扶父灵回乡，途经华山，结识了一位美貌少女，两人彼此产生好感，不料不久即发现这少女竟是玉罗刹。两人联手打败了前来捉拿练的宫廷卫士和满洲奸细，并结识了辽东经略使熊廷弼麾下将官岳鸣珂。练与岳比剑，方知两人的师父本是一对恩爱夫妻，后因赌气分手。卓、岳二人从练师凌慕华的遗书中得知练乃是母狼乳大的弃婴。

　　卓一航到家不久，祖父卓仲廉因禁受不了丧子之痛而去世，卓一航也被人陷害而坐牢。练霓裳闻讯后前来相救，与武林大豪铁飞龙不打不相识，拜铁为义父。武当掌门紫阳道长逝世，遗命卓一航继任掌门。前来寻找卓回山继位的武当门人在铁家与练相遇，练打败卓的师叔红云道长，双方梁子越来越深。卓陷入苦恼之中，推托要守孝申冤，缓任三年。安葬师父之后，卓与师叔白石道长一同北上申冤，在嵩山遇到岳鸣珂，两人引为知交。

　　岳鸣珂追击盗走玉罗刹剑谱又到少林盗书的黑道高手“阴风毒砂掌”金独异，一场恶斗，岳中毒受伤，幸得铁飞龙之女铁珊瑚相救，两人同赴北京。适逢即位不久的光宗朱常洛误食“红丸”而驾崩，熹宗朱由校即位，太监魏忠贤和由校乳娘客氏把持朝政。熊廷弼刚抵京就被矫旨捉拿并屡遇险情，幸得岳、卓、练等相救才得以脱险。铁飞龙托练为女儿向岳提亲，岳虽然对铁珊瑚很有好感，却因为不满练的强势态度而加以拒绝。这时金独异之妻红花鬼母出山约战铁飞龙，练凭机智和武功击败了红花鬼母。熊廷弼辞官，岳、卓与白石道长离京返回湖北，练和铁飞龙随后追赶。白石和红云为阻止练卓会面与练狠斗一场，再次被打败，双方积怨更深。

　　卓一航回家守孝，练霓裳闻知朝廷派兵到陕西剿匪，急急赶回。途中遇到闯王李自成，获知自己的山寨已被官军攻破，余部逃入四川，旋即入川聚集旧部，与被岳鸣珂据婚后流落江湖的铁珊瑚一道在广元明月峡再立山头。朝廷重新启用熊廷弼任辽东经略使，但实权旁落，部下不听指挥而轻敌冒进，导致全军覆没。魏忠贤借机杀死了熊廷弼，并派锦衣卫缉拿岳鸣珂。岳只身逃往四川，在广元遇到卓、练相救而脱险。

　　卓一航守孝三年期满，红云、白石率众弟子入陕迎接新任掌门。途经广元，玉罗刹将卓“劫”至明月峡山寨，并表明了心迹，愿与卓合籍双修，同研武功。卓碍于师门偏见，一时不敢答应。气量狭窄的白石、红云，为找回卓并报复练，竟与官兵联手攻破明月峡，寨中女兵几乎全部战死，铁珊瑚也死于金独异之手。岳鸣珂杀死金独异为铁报仇后远走天山，出家为僧，成为开创天山派的一代宗师晦明禅师。练与铁飞龙再度赴京，将岳冒死带出的熊廷弼兵书《辽东论》转送给边关大将袁崇焕。卓托人捎信给练，极表爱恋之意，练遂离京南下武当山。

　　卓一航自明月峡回山后，对练霓裳念念不忘，如痴如傻，除练武之外百事不问，空担掌门之职。忧心忡忡的师叔们将这归罪于练对卓的诱惑，视她为本门公敌。练上得武当，双方一番倾诉，卓终于决定放下一切随练而去。但这时卓的四位师叔联手布成剑阵围攻练，一场恶斗，杀得天昏地暗。武当四大长老均告负伤，而危急关头，卓面对爱人和师门之争难以自处，受人怂恿发弹助战，练为此伤心欲绝，一夜之间头发全白。她心灰意冷之下从此退出中原武林，远走天山，被称为“白发魔女”。

　　而自练霓裳走后，卓一航如疯似狂，形同白痴。一日突被人点醒，终于不顾一切地冲下武当山，追寻练的踪迹。几经辛苦，他终于得知练隐居于天山南高峰，前往寻访。但练已心灰意冷，不肯谅解和好。卓失望下山，自此在天山南北、草原沙漠中漫游行侠，收下徒弟辛龙子。经辛龙子告知，卓终寻得传说中能使白发变黑的优昙仙花，但距花开尚有六十年。

　　白石道长携女儿何绿华远赴西北寻卓一航回山，沙漠遇敌，白石被擒。卓路过救下何绿华，自己也中毒受伤。练正遇何为卓疗伤，误会两人相好，醋意大发，气极而去。卓无奈单身闯敌巢营救师叔，却因敌方高手如云而身陷险境。练终不忍见卓孤身送死，以绝顶武功救卓及白石父女脱险。卓再次表明心迹，但练心灰已极，不听解释飘然而去。卓决意终身守望，直到仙花开放之日。